Иногда '\r\n' и '\n' можно нормализовать при выводе в какой-то конкретный. Иногда так делать нельзя, и всеми силами стараться сохранить в выводе то, что при пришло на вход (при обработке сложнее чем "пропустить часть и переставить местами строки" это не всегда очевидно, что такое "сохранить").
А когда так надо делать и в каких ситуациях - это область гуманитарных наук, а не computer science.
