Вот как можно сделать, что бы изменённый файл не отмечался автоматом галочкой в TortoiseSVN:
rem add options.xml to *local* ignore changelist, if not was already here
(svn stat %1 | findstr ignore-on-commit > NUL) || svn changelist ignore-on-commit %1
Увы, это влияет только на локальные настройки TSVN. Что бы распространить эти настройки у всех, я засунул эти общие настройки в батники запуска редактора и игры.