?

Log in

No account? Create an account

What I learned Today #15: значения слов

май. 7, 2014 | 03:22 am

Лучшая табличка про значения слов и одновременно про коммуникацию науки с миром, какую я видел когда-либо.

word_meaning

Источник — большая статья (pdf) о том, как разговаривать с неспециалистами о глобальном потеплении. В целом интересный материал, кстати, и не только для метеорологов.

Ссылка | Оставить комментарий {1} |

What I learned today #14: абсолютная погрешность данных РСИ

апр. 3, 2014 | 02:28 am

У меня пока не получается писать сюда совсем новые постинги, поэтому зарепощу свое старое мини-исследование с форума химиков:

Q: В РСА для параметров принято давать одну сигму. Но это же только "случайная ошибка" (precision). Интересно, какова типичная в рутинных РСА-структурах систематическая погрешность (accuracy)?

A:
Говорить, скорее всего, нужно о вариации (variance), потому что теория особенно не предполагает наличие систематических завышений или занижений длин связей в данных монокристального РСИ (за исключением очевидных случаев с атомами водорода). Вариация длин связей может быть вызвана многими факторами, но самый очевидный - погрешность измерения параметров ячейки. Они плывут от ошибок в измерении положения отражений, которые для четырехкружных дифрактометров вызваны разъюстировкой осей, а для CCD- просто неочевидны и связаны с центрировкой кристалла, мозаичностью и т.п. Однако эта ошибка, не превышающая в норме примерно 0.1% (что все равно на порядок выше ошибки МНК), "размазывается" по всем длинам связей в молекуле пропорционально - и вкладывает в типичную связь дополнительные 0.002 Å ошибки максимум (оценка сверху).

Если верить измерениям типа round robin, которые проводил в России, например, Вировец, то если стандартное отклонение (далее - сигма) параметров ячейки обычно на порядок выше приводимой в выдаче, то сигма длин связей в общем близка к таковой из данных МНК: видимо, часть ошибок компенсируется. В итоге для одной и той же кристаллической структуры можно
ждать сигмы в 0.002-0.003 Å.

Но зачем верить на слово?

Я проверил на разных полиморфах трифенилфосфиноксида, снятых при разных температурах, выкинув только две самые старые структуры и еще одну почему-то без водородов Точнек для сравнения получается 11 штук, не так мало. Сигма (не МНК, а посчитанная по данным КБСД) для P=O 0.005 Å, для средней P-C 0.004 Å, для средней С-С в фениле (выбрал случайно) — 0.007 Å. Нормально, согласуется с rule of thumb, что при сравнении двух структур нужно пренебрегать различиями в длинах связей меньше одной сотой Å, а начинать обсуждение - когда оно превышает 0.02 Å. Как раз похоже на две сигмы для средней структуры, то есть результат применения правила 95%.

Если смотреть на вариацию длины связи по различным сокристаллам, то сигма будет ближе к 0.015 Å даже для связи P-O, но это уже не погрешность измерения, а влияние упаковки.

С сигмой из МНК реальная ошибка соотносится, по ощущениям, пропорционально с неким k, 2< k <3.

Не говорю при этом о малой неорганике — там как раз вклад параметров ячейки будет очень велик, но их и померить можно точнее, знака эдак до 7 для кубической структуры.

ссылка на дискуссию плюс обсуждение газовой электронографии: http://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?f=11&t=100035&start=20#p771678

Ссылка | Оставить комментарий |

What I learned today #13: медицина

мар. 31, 2014 | 02:53 am

За эти два выходных дня узнал много нового про отечественную медицину, причем, неожиданно, скорее хорошего.

Наверно, основной прямо новой вещью является то, что носилки на скорой помощи — надувные, и пациента с переломом ноги можно ими практически обмотать, затем девайс надуть, вставить ребра жесткости (деревянные, кстати) - и как пушинку понести вниз по лестнице. Оптимально вшестером, но впятером тоже справились.

Я на носилках не лежал, а нес, а потом и в больницу поехал сопровождать.

Но больше на эту тему рассказывать не собираюсь и постараюсь поддерживать блог в рабочем состоянии. По крайней мере положу несколько методичек, которые давно пора написать — по индицированию, например.

Ссылка | Оставить комментарий |

What I learned today #12: количество вещества для измерений в трансмиссии и отражении

мар. 29, 2014 | 01:10 am

Сегодня наконец сравнил результаты измерения порошкограмм в трансмиссии с монохроматором и в отражении с никелевым фильтром для одинакового (небольшого) количества слабоотражающего вещества. Оказалось, что геометрия Брэгга-Брентано все же дает неплохую интенсивность - при условии, что используются переменные щели. То есть полностью открытый монохроматор (щели 6 мм) дает одинаковую интенсивность пика при 5° 2theta с моторизованными щелями при раскрытии 0.2 мм — и вот мы наконец видим ожидавшуюся из теории разницу в интенсивности в 30 раз — но потом-то в геометрии Брэгга-Брентано переменные щели открываются дальше, а монохроматору раскрываться некуда, и уже на 10° различие идет в два раза.

Мелочь, а приятно. То есть при скрининге веществ в геометрии отражения, по идее, я информации не буду терять. Теперь бы еще так переюстировать щелевую геометрию, чтобы хотя бы с 2° спокойно снимать...

Ссылка | Оставить комментарий |

What I learned today #11: экспорт вкладов индивидуальных фаз в Bruker TOPAS

мар. 28, 2014 | 01:22 am

ОК, TOPAS есть не у всех. Но это же постинги и для учеников/коллег тоже!

Программа Bruker TOPAS — самая мощная из доступных для моделирования рентгеновских дифрактограмм. Графический интерфейс может выглядеть неказисто, но за ним скрывается расширяемый произвольно движок, который может уже практически все: уточнять несоразмерные структуры, магнитные, симметрийные моды, турбостратное разупорядочение, переопределять ограничения при уточнении, задавать сколь угодно безумные весовые схемы...

Поэтому большинство интересных вещей, которые хотелось бы сделать, а кажется, что никак, прячутся в недрах т.н. Launch Mode, где управление программой ведется через отдельный текстовый файл. Но есть одна задача, которая как раз из Launch Mode недоступна, а является особенностью графической оболочки (и, конечно, документирована, если вообще да, в той части мануала, которую я не читаю) — поэтому я о ней узнал сегодня, после 4-х лет работы с программой.

Это экспорт графиков индивидуальных фаз, которые TOPAS умеет красиво рисовать при наведении мышки на имя фазы. Такие картинки приятно сохранять для показа заказчику, но иногда хотелось бы таким образом, скажем, извлекать фазу для показа отдельно без аморфных пиков и фона — а из Launch Mode можно выдать только экспериментальную и расчетную порошкограммы целиком.

Решение простое. В графическом интерфейсе, независимо от того, используется GUI Mode или Launch Mode, опции отображения доступны. Нужно включиь показ фаз, щелкнуть правой кнопкой по имени диапазона — и экспортировать фазу вместе с расчетным/экспериментальным паттерном и фоном заодно. ФСЁ.

Одна картинка вместо слов:

TOPAS save graph

На слайде — пример из Launch Mode, и внимательный читатель может заметить, что фаза пиков недоступны все равно. Но что же, их можно достать уже путем арифметики: Peaks=Calc-Structure-Bkg. А в GUI они извлекаемы в явном виде, и это одно из немногих мест в программе, где GUI "сильнее" Launch mode. Второе — индицирование, но о нем как-нибудь потом.

Ссылка | Оставить комментарий |

What I learned today #10: картинки высокого разрешения из слайдов PowerPoint

мар. 27, 2014 | 01:30 am

Так, большой постинг про секретную авторешалку структур ShelXT еще будет, а сегодня напишу про маленькую вещь, которую лет 10 я считал невозможной, а ее всегда можно было сделать.

Я об экспорте картинок высокого разрешения из PowerPoint: в меню сохранения опций соответствующих нет и не было никогда, и размер картинки для слайда всегда был 920*720 пикселей.

Но оказывается, опция изменения выходного разрешения есть, была еще в 2000 офисе и доступна через реестр Windows.

http://support.microsoft.com/kb/827745/en-us

Если коротко, нужно

1. найти в реестре раздел
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Office\XX\PowerPoint\Options
где XX определяется версией Офиса (нужен максимальный доступный).
2. Создать там параметр типа DWORD с именем ExportBitmapResolution
3. присвоить ему десятичное значение целевого разрешения (максимум 300, отвечает 300 DPI, по умолчанию стоит 96).
4. Все. Можно экспортировать из PowerPoint слайды в высоком разрешении, лучше, конечно, в файлы без потерь типа PNG, а то опций сохранения JPG тоже нет, а качество по умолчанию очень среднее.

И зачем я возился с картиночными программами-псевдопринтерами, когда в лицее пытался сделать из PPT файл TIF?

Ссылка | Оставить комментарий {1} |

What I learned today #9: организация удаленного написания статей

мар. 26, 2014 | 01:27 am

Рабочая научная практика часто требует совместной работы над текстом — разговора в реальном времени, пока ученик пишет. Да, можно написать самому, но тогда студент/аспирант не научится. Можно выдать план, но текст тогда не будет написан. Остается, в общем, самому говорить, и чтобы ученик писал или правил текст.

Но стоять за плечом получается не всегда, иногда мешает географическая разнесенность.

Тогда себя очень хорошо зарекомендовала связка из TeamViewer для передачи экрана и Skype для разговора. Важно отключить передачу звука с удаленного компьютера, иначе получается противное эхо. Собственный же VoIP в ТимВьюере очень паршивый.

Все вроде просто, но сегодня даже оттестировал с Linux на одном конце и Windows на другом. И работает!

This publication is not sponsored by TeamViewer in any way (c)

Ссылка | Оставить комментарий {2} |

What I learned Today #8: элементный анализ по-цюрихски

мар. 25, 2014 | 02:44 am

Сегодня у меня произошел разрыв шаблона: проходивший практику в ETH Zurich студент принес на рентгеноструктурный анализ выращенные там кристаллы в таинственных микропробирках. При этом верхняя часть пробирки представляет собой контейнер для образца с резиновой пробкой, а нижняя — запянный длинный пузырек.

Если верить объяснениям, то это часть полностью автоматизированной системы отбора образца, в которой из верхней части пробу забирает робот, а изменение веса определяется по изменению глубины погружения пробирки в некую жидкость.

Своими глазами видел (и при случае сфотографирую и добавлю в этот пост), но понять, почему так странно — не могу. Изучил страницу сервисной группы по химическому анализу ETH — действительно, специальные пробирки фигурируют. Но ни одного примера измерения веса флотацией в сети не находится. Особенно удивительно, что пробирки нужно помечать, наклеивая бумажку — то есть в лаборатории с них еще и отрывают лейбл, а потом наклеивают назад. Автоматизируемее некуда. А как они борются с силами поверхностного натяжения? Но думаю, что странность вызвана именно роботизированной частью - принимаемые в таких системах решения обычно выглядят категорически неочевидными для неспециалистов. Чего стоит только знаменитый робот, сортирующий блинчики:



Согласитесь, что словосочетание "робот, сортирующий блинчики" не вызывает образ четырех паукообразных с вебкамерой и двухскоростным конвейером? Вот и робот-весы может выигрывать от отсутствия необходимости ставить куда-либо контейнер исследуемого образца. Может, и с электростатикой проблемы снимаются, если жидкость проводящая.

Еще в поисках объяснения увиденному нашел отличный, иллюстрированный и на диво высокоуровневый мануал Mettler-Toledo про ошибки при взвешивании: http://us.mt.com/dam/MT-NA/WeighMatter/Weighing_the_Right_Way_Brochure.pdf

Стартует с чего-то похожего на цитаты из инструкции, и заканчивает поправками на центробежную силу, связанную с вращением Земли, обсуждает взвешивание магнитов, жидкостей и адсорберов... Хорошо, что я все же не связан напрямую с аналитикой.

Ссылка | Оставить комментарий {1} |

What I Learned Today #7: оптимизация работы в Lightroom с помощью геймерской мыши

мар. 23, 2014 | 02:06 am

Сегодня день, в общем-то, нерабочий, и я много фотографировал и обрабатывал результаты. При этом Adobe Lightroom — программа дивная, качественно упрощающая работу с сотнями фотографий (и делающая ее возможной с тысячами). Она работает с любыми RAW-файлами и вообще по влиянию на конечный результат круче покупки нового объектива — при том, что стоит существенно дешевле.

Но интерфейс ее требует запоминания кучи клавиатурных команд либо постоянных тыканий мышкой в мелкие кнопки. Я в общем привык, но сомневался, насколько это необходимо. И действительно, с покупкой геймерской мыши Logitech G602 проблема ушла. Дело в том, что в большинстве игр проблема малоудобного интерфейса встает чаще, чем в офисных приложениях, поэтому софт геймерских продуктов Logitech на порядок богаче, отлаженнее и функциональнее такового для обычных мышек. И позволяет как угодно переназначать все 11 кнопок в зависимости от приложения. Как для игр работает, я за две недели как-то попробовать не успел, но обычные программы распознает на ура. Ну, функции левой и правой кнопок я оставил, а на остальные повесил разные полезные опции:

Lightroom_G602_crop

Неиспользуемая в программе средняя кнопка выдает маковские корни приложения - теперь на ней вывод дополнительной фотопленочной ленты. G10 отвечает за отображение левой панели (история или каталоги) G11 за затемнение, нижний ряд боковых кнопок - за навигацию, а верхний - за редактирование.

И это действительно упрощает процесс — с Лайтрумом теперь можно удобно работать без использования клавиатуры вовсе, не забивать голову комбинациями клавиш или мышиными пассами, скрыть занимающий полезное место навигационный тулбар — и, следовательно, больше времени уделять собственно отбору и обработке кадров.

Ссылка | Оставить комментарий |

What I learned today #6: ступка и премия "Поэт года"

мар. 22, 2014 | 05:52 am

Сегодня два с половиной небольших пункта из разных областей.

1) для оптимального переноса свежерастертого образца из ступки на ФНМ МГУ используется ноу-хау: скребок из одноразового пластикового стакана. Надо попробовать.

2) основание статуэтки "золотое перо", выдаваемой лауреатам премии "Поэт года", выточено из действительно симпатичных поделочных камней:
DSCF6647-1
Видите ли, моя мама, в сети Ника Невыразимова, получила I премию в номинации "Лирика" за 2013 г., о чем мы оба узнали в момент вручения вечером 21-го марта. Что круто, неожиданно, и из области новых знаний сообщает о том, что как минимум на данной (крупной, фактически самой масштабной из поэтических для некоммерческих авторов по конкурсу и уровню жюри) премии результаты определяются НЕ блатом и договоренностями.

Ссылка | Оставить комментарий |