?

Log in

No account? Create an account

What I learned today #10: картинки высокого разрешения из слайдов PowerPoint

мар. 27, 2014 | 01:30 am

Так, большой постинг про секретную авторешалку структур ShelXT еще будет, а сегодня напишу про маленькую вещь, которую лет 10 я считал невозможной, а ее всегда можно было сделать.

Я об экспорте картинок высокого разрешения из PowerPoint: в меню сохранения опций соответствующих нет и не было никогда, и размер картинки для слайда всегда был 920*720 пикселей.

Но оказывается, опция изменения выходного разрешения есть, была еще в 2000 офисе и доступна через реестр Windows.

http://support.microsoft.com/kb/827745/en-us

Если коротко, нужно

1. найти в реестре раздел
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Office\XX\PowerPoint\Options
где XX определяется версией Офиса (нужен максимальный доступный).
2. Создать там параметр типа DWORD с именем ExportBitmapResolution
3. присвоить ему десятичное значение целевого разрешения (максимум 300, отвечает 300 DPI, по умолчанию стоит 96).
4. Все. Можно экспортировать из PowerPoint слайды в высоком разрешении, лучше, конечно, в файлы без потерь типа PNG, а то опций сохранения JPG тоже нет, а качество по умолчанию очень среднее.

И зачем я возился с картиночными программами-псевдопринтерами, когда в лицее пытался сделать из PPT файл TIF?

Ссылка | Оставить комментарий {1} |

What I learned today #9: организация удаленного написания статей

мар. 26, 2014 | 01:27 am

Рабочая научная практика часто требует совместной работы над текстом — разговора в реальном времени, пока ученик пишет. Да, можно написать самому, но тогда студент/аспирант не научится. Можно выдать план, но текст тогда не будет написан. Остается, в общем, самому говорить, и чтобы ученик писал или правил текст.

Но стоять за плечом получается не всегда, иногда мешает географическая разнесенность.

Тогда себя очень хорошо зарекомендовала связка из TeamViewer для передачи экрана и Skype для разговора. Важно отключить передачу звука с удаленного компьютера, иначе получается противное эхо. Собственный же VoIP в ТимВьюере очень паршивый.

Все вроде просто, но сегодня даже оттестировал с Linux на одном конце и Windows на другом. И работает!

This publication is not sponsored by TeamViewer in any way (c)

Ссылка | Оставить комментарий {2} |

What I learned Today #8: элементный анализ по-цюрихски

мар. 25, 2014 | 02:44 am

Сегодня у меня произошел разрыв шаблона: проходивший практику в ETH Zurich студент принес на рентгеноструктурный анализ выращенные там кристаллы в таинственных микропробирках. При этом верхняя часть пробирки представляет собой контейнер для образца с резиновой пробкой, а нижняя — запянный длинный пузырек.

Если верить объяснениям, то это часть полностью автоматизированной системы отбора образца, в которой из верхней части пробу забирает робот, а изменение веса определяется по изменению глубины погружения пробирки в некую жидкость.

Своими глазами видел (и при случае сфотографирую и добавлю в этот пост), но понять, почему так странно — не могу. Изучил страницу сервисной группы по химическому анализу ETH — действительно, специальные пробирки фигурируют. Но ни одного примера измерения веса флотацией в сети не находится. Особенно удивительно, что пробирки нужно помечать, наклеивая бумажку — то есть в лаборатории с них еще и отрывают лейбл, а потом наклеивают назад. Автоматизируемее некуда. А как они борются с силами поверхностного натяжения? Но думаю, что странность вызвана именно роботизированной частью - принимаемые в таких системах решения обычно выглядят категорически неочевидными для неспециалистов. Чего стоит только знаменитый робот, сортирующий блинчики:



Согласитесь, что словосочетание "робот, сортирующий блинчики" не вызывает образ четырех паукообразных с вебкамерой и двухскоростным конвейером? Вот и робот-весы может выигрывать от отсутствия необходимости ставить куда-либо контейнер исследуемого образца. Может, и с электростатикой проблемы снимаются, если жидкость проводящая.

Еще в поисках объяснения увиденному нашел отличный, иллюстрированный и на диво высокоуровневый мануал Mettler-Toledo про ошибки при взвешивании: http://us.mt.com/dam/MT-NA/WeighMatter/Weighing_the_Right_Way_Brochure.pdf

Стартует с чего-то похожего на цитаты из инструкции, и заканчивает поправками на центробежную силу, связанную с вращением Земли, обсуждает взвешивание магнитов, жидкостей и адсорберов... Хорошо, что я все же не связан напрямую с аналитикой.

Ссылка | Оставить комментарий {1} |

What I Learned Today #7: оптимизация работы в Lightroom с помощью геймерской мыши

мар. 23, 2014 | 02:06 am

Сегодня день, в общем-то, нерабочий, и я много фотографировал и обрабатывал результаты. При этом Adobe Lightroom — программа дивная, качественно упрощающая работу с сотнями фотографий (и делающая ее возможной с тысячами). Она работает с любыми RAW-файлами и вообще по влиянию на конечный результат круче покупки нового объектива — при том, что стоит существенно дешевле.

Но интерфейс ее требует запоминания кучи клавиатурных команд либо постоянных тыканий мышкой в мелкие кнопки. Я в общем привык, но сомневался, насколько это необходимо. И действительно, с покупкой геймерской мыши Logitech G602 проблема ушла. Дело в том, что в большинстве игр проблема малоудобного интерфейса встает чаще, чем в офисных приложениях, поэтому софт геймерских продуктов Logitech на порядок богаче, отлаженнее и функциональнее такового для обычных мышек. И позволяет как угодно переназначать все 11 кнопок в зависимости от приложения. Как для игр работает, я за две недели как-то попробовать не успел, но обычные программы распознает на ура. Ну, функции левой и правой кнопок я оставил, а на остальные повесил разные полезные опции:

Lightroom_G602_crop

Неиспользуемая в программе средняя кнопка выдает маковские корни приложения - теперь на ней вывод дополнительной фотопленочной ленты. G10 отвечает за отображение левой панели (история или каталоги) G11 за затемнение, нижний ряд боковых кнопок - за навигацию, а верхний - за редактирование.

И это действительно упрощает процесс — с Лайтрумом теперь можно удобно работать без использования клавиатуры вовсе, не забивать голову комбинациями клавиш или мышиными пассами, скрыть занимающий полезное место навигационный тулбар — и, следовательно, больше времени уделять собственно отбору и обработке кадров.

Ссылка | Оставить комментарий |

What I learned today #6: ступка и премия "Поэт года"

мар. 22, 2014 | 05:52 am

Сегодня два с половиной небольших пункта из разных областей.

1) для оптимального переноса свежерастертого образца из ступки на ФНМ МГУ используется ноу-хау: скребок из одноразового пластикового стакана. Надо попробовать.

2) основание статуэтки "золотое перо", выдаваемой лауреатам премии "Поэт года", выточено из действительно симпатичных поделочных камней:
DSCF6647-1
Видите ли, моя мама, в сети Ника Невыразимова, получила I премию в номинации "Лирика" за 2013 г., о чем мы оба узнали в момент вручения вечером 21-го марта. Что круто, неожиданно, и из области новых знаний сообщает о том, что как минимум на данной (крупной, фактически самой масштабной из поэтических для некоммерческих авторов по конкурсу и уровню жюри) премии результаты определяются НЕ блатом и договоренностями.

Ссылка | Оставить комментарий |

What I learned Today #5: Параметр Флэка, 30 лет спустя

мар. 21, 2014 | 01:56 am

Ок, это я узнал не сегодня. Но вчера впервые применил на практике!

Почти общеизвестно, что из монокристальных рентгенодифракционных данных можно узнать абсолютную конфигурацию исследуемого кристалла, если в кристалле есть тяжелый атом. Есть очевидные "ограничения", вроде того, что соединение не должно быть рацематом (большинство химиков встречают неудачу на этом этапе), что выросший нецентросиметричный кристалл не означает, что соседний кристалл в той же пробирке не отвечает противоположной абсолютной конфигурации (бывают такие молекулы,у которых просто не растут кристаллы рацемата, а вываливаются независимо кристаллы правого и левого энантиомеров), но это все логичные частности. Определение абсолютной конфигурации производится путем сравнения интенсивностей пар отражений (h, k, l) и (-h, -k, -l), которые часто называют парами Бижвота (Bijovet) в честь экспериментатора, который с их помощью путем честного измерения сильного аномального рассеяния определил абсолютную конфигурацию тартрата рубидия (Nature, кстати, doi:10.1038/168271a0). Тем самым наконец позволив сказать, что такое D- и L- изомеры, между прочим.

Аномальное рассеяние годится не всегда, поэтому Флэк и Рождерс в 1983 г. предложили способ определять абсолютную конфигурацию с помощью т.н. параметра Флэка, который возникает из уточнения нецентросимметричной структуры как двойника:



И всех все устраивало, в уточнении для параметра x, как и для любого другого, можно посчитать стандартное отклонение, и стандартная фраза о возможности уточнения абсолютной конфигурации звучала примерно так: "параметр Флэка с приемлемым esd можно получить для уточнения структур с атомами начиная с кремния для молибденового излучения и начиная со фтора для медного". При этом было известно, что если уточнять, скажем, параметр Флэка по данным с медного излучения для структуры, содержащей только кислород, углерод и азот, то он часто будет близок к нулю или единице, и часто совпадать с известными из химии - но будет иметь дикую погрешность. Скажем, 0.0(5). И делай со своими данными что хочешь.

Есть только одна проблема: статья Флэка содержала грубую ошибку. Примерно 25 лет никто не обращал внимания, но в 2008 г. Хоофт предложил применить статистические тесты к анализу интенсивностей пар Бижвота (Hooft, R.W.W., Straver, L.H., Spek, A.L. (2008). J. Appl. Cryst., 41, 96-103, open access). Выяснилось, что если считать каждую разность I((h, k, l) - I(-h, -k, -l) независимым наблюдением, и сравнивать ее величину с таковой, рассчитанной для уточненной структуры, то статистика на тысяче-другой отражений выдерживает любые тесты достоверности. И повышает точность определения абсолютной конфигурации на порядок. Результат был настолько крут, что Хоофт завел специальный сайт для его пропаганды:

http://www.absolutestructure.com

А через 5 лет и Флэк подтянулся, показав, что вместо расчета по изначальной формуле нужно было сравнивать квотиенты (Parsons, S., Flack, H.D. & Wagner, T. (2013) Acta Cryst. B69, 249-259, doi:10.1107/S2052519213010014, тоже в открытом доступе). Квотиент - это всего-навсего отношение разности интенсивностей пар Бижвота к их сумме. Дело в том, что исходный параметр Флэка вбирал в себя все неточности в описании структуры (а модель всегда достаточно неточна, без описания электронной плотности между связями и т.п.), а в квотиентах ошибки взаимно компенсируются. Круче, чем и Хоофта, не получилось, потому что даже специальное уточнение структуры по квотиентам все равно ничего нового по сравнению со статистическим тестом не дает — но зато удалось разобраться с природой несоответствия. И Шелдрик включил критерий Парсонса (уже не Флэка, пусть тот и в соавторах) в новую версию ShelXL, фактически гарантировав, что абсолютные структуры по всему миру станут точнее. А параметр Хоофта и так считают и CRYSTALS, и PLATON, и OLEX2.

И да, вчера я уточнил структуру формулы C19H31NO2 с параметром Парсонса 0.04(3), в то время как Флэк сказал бы мне только унылое 0.0(2).

Впервые же я увидел последствия применения нового алгоритма на структуре сахара, снятой на молибденовом излучении (до 110 градусов, впрочем). Я тогда только поставил ShelX-2013 и заподозрил баг. Даже потом специально спросил Шелдрика, подойдя к нему на Европейской кристаллохимической конференции. Он же выразился в духе "да-да, теперь все так, и придется переписывать учебники".

Хорошо бы меньше 20 лет понадобилось, чтобы переписать. А то "мужики и не знают..."

UPD: Да, теперь, чтобы получить правильное определение параметра Флэка (Парсонса?), достаточно просто уточнить структуру в новом SHELXL (2013/1 и новее). Он и ссылку вставит правильную, а если уточнять в явном виде "старый" параметр (через TWIN/BASF), то пишет "refined as an inversion twin" — это оставлено для совместимости.

Ссылка | Оставить комментарий |

What I learned Today #4: коррекция интенсивности в геометрии Брэгга-Брентано

мар. 20, 2014 | 02:32 am

В порошковой дифракции, в отличие от монокристальной, существует очень много различных геометрий съемки. Международные кристаллографические таблицы насчитывают, по-моему, штук 10. При этом самая распространенная — геометрия Брэгга-Брентано:



Хотя на странице по ссылке и указывается, что инструментальная функция там ппростая, она гораздо сложнее таковой для, казалось бы, более экзотической геометрии пропускания с монохроматором, в которой я работал несколько лет. Сейчас после апгрейда второго прибора в лаборатории до детектора LynxEye, мы перешли в геометрию Брэгга-Брентано и впервые встал вопрос о правильном ее описании.

Короткие выводы, пока почти без формул:
1) работать в этой геометрии проще всего, если твой образец - это граммовые количества оксидов. Тогда поправки на интесивности не нужны;
2) если тебе не так повезло, и ты хочешь снимать тонкий слой образца на подложке с нулевым фоном, нужно знать, что это требует коррекции интенсивности в терминах прозрачности образца — и на действительно тонких образцах интенсивность дальних резко занижается;

Если \mu (коэффициент поглощения) и/или l (толщина образца) велики, то разницы в зависимости от угла \theta нет. А вот для тонких органических образцов малы обе эти величины, и интенсивность дальних проседает очень заметно...
3) если съемка ведется с переменными щелями (которые в ходе эксперимента раскрывают Divergence Slit на рисунке, поддерживая постоянную высвечиваемую область), то это можно компенсировать, но учитывать в поправках на интенсивности нужно оба эффекта, что контринтуитивно в интерфесе программы TOPAS, который почему-то предполагает, что люди с одномерным детектором на переменных щелях не снимают. Тем не менее, это вполне возможно, и коррекция интенсивности исключительно проста:

Что означает, что для реальных образцов прирост интенсивности на 30 градусах по сравнению с началом паттерна (5 градусов) составляет почти 6 раз, и такой выигрыш на дороге не валяется. Но об этой поправке, очевидно, тоже забывать нельзя.

А с монохроматором я десятки структур сделал, ни разу не корректируя интенсивность... Хотя пару месяцев назад начал все же, но там это больше забота о корректных значения тепловых параметров, чем жизненная необходимость.

Ссылка | Оставить комментарий |

Wot I Learned Today #3: 3D-печать в Мск, точнее, ее отсутствие

мар. 19, 2014 | 02:20 am

Сегодня сообщение короткое и не самое полезное: скорее, может пригодиться, чтобы не тратить время в будущем. У меня ломается деталь в приборе, пластиковая кольцевая защелка, и я начал разбираться, чем ее можно заменить. Форма сложная, вытачивать аналог будет непросто (мастерская в НИИ есть, и все равно попробуем), поэтому подумал, что удастся воспользоваться 3D-печатью в Москве для решения задачи.

В общем, все малоудачно. Защелку и вообще что-либо с движущимися частями и упругостью нельзя напечатать послойным методом (FDM), потому что в каком-нибудь направлении у нее всегда будет плохая прочность. Можно было бы лазерным спеканием (SLS), но с такими задачами - в Польшу.

Нет, 3D-модельку по сломанной детали я, наверно, построю за 3 тыр. Но использовать по делу деталь (печать скорее всего дешевле, пока цену без модели не называют) потом скорее всего не получится.

Зато фигурки прикольные FDM-ом печатать можно.

mario
(с) http://www.3ders.org/articles/20130128-homemade-3d-printed-mario.html

Ссылка | Оставить комментарий |

Wot I leaned today #2: PublCIF

мар. 18, 2014 | 12:22 am

Большинство людей проживает жизнь без необходимости написать хотя бы одну научную статью. И в общем не жалеет. Правильно: это процесс сам по себе непростой, часто скучный и редко предполагающий танцы с бубном, прыжки через хула-хуп и прочие забавы, обычно ассоциирующиеся с обновлением софта до следующей мажорной версии или освоением новой экспериментальной методики.

Но для любителей таких развлечений есть совершенно особый, ни на что не похожий способ научного творчества. Это использование программы PublCIF для подготовки материалов в журналы Acta Crystallographica.

Посмотрите сами:
publcif_dual

Это двухоконный интерфейс уже намекает, что просто писать статьи в Ворде в журналы Международного союза кристаллографов нельзя. Но мало ли форматов, TEX, HTML...

Нет, все гораздо интереснее. Статьи в IUCR пишутся исключительно в файлах описания структур, Crystallographic Information File (CIF). Вообще это очень удобно: в одном и том же текстовом файле наверху список авторов, внизу блок данных, посредине текст короткого сообщения. Хочешь сослаться на длину связи - не ошибешься, копируя из таблицы. Хочешь написать экспериментальную часть - ан вот она уже здесь, оформлена роботом.

Хочешь написать нижний индекс - ставь тильды. H~2~O. Хочешь верхний - и это возможно! Na^+^. Хочешь выделить полужирным или курсивом? Ставь теги из HTML! Тире? --. Связь? Тоже можно, N---C. Ангстрем? \%A. Греческие буквы тоже доступны, например, psi - это \y.

Редактировать можно и в форматированной половинке окна, тогда нужно выбирать спецсимволы и оформление мышкой. Сложности возникают при копи-пейсте — при вставке из Ворда большая часть спецсимволов идет лесом, но продолжает отображаться. Впрочем, ориентируясь на исходный код (бегунок курсора общий для обоих половин), их можно подправить, главное не перегенерировать красивое отображение случайно.

А нестандартные таблицы, если что, доступны с помощью специального средства их генерации.

В общем, часа 4 на освоение, поиск нужных шаблонов, разбор примеров, оформление ссылок — и можно писать первую заметку на полстранички в структурное сообщение...

Ссылка | Оставить комментарий |

Wot I learned Today #1: POV-Ray

мар. 17, 2014 | 12:20 am

Буду скидывать сюда разную информацию, почерпнутую в ходе работы и ползания по сети.

Да, в мире происходит всякое разное. Будем считать, что я защищаюсь от этого работой.

Так вот, есть такая программа POV-Ray. Она используется для отрисовки трехмерных сцен по сценариям. Мой основной use case - генерация трехмерных картинок кристаллических структур. Потому что красивую рисуночную графику можно нарисовать разными способами (обычно через формат EPS, справляются программы OLEX2 и XP), а красивый трехмер они не особенно выдают. Но OLEX2 умеет генерировать сцены в POV-Ray.

Там поддерживается и прозрачность, и отражаемость, и все-все-все, но проблема возникает, когда хочешь нарисовать картинку для презентации: выглядят они грязновато. Дело в том, что алгоритм reverse ray tracing следует принципу "один пиксель - один луч", что плохо работает, когда в картинке есть детали меньше пиксела. Простой путь - нарисовать картинку раза в 4 больше нужного и ужать редактором фото, но это дает непонятное размытие. Можно ли обойтись без такой процедуры? Оказывается, да, но нужно читать доки. Бороться с проблемой должен алгоритм anti-aliasing, но то, что предлагается в файле quickres.ini, поставляющемся с POV-Ray - это очень простой метод, который работает даже хуже, чем перегенерирование большой картинки и ужимание. Совсем другое дело - рекурсивный алгоритм Sampling_Method=2. Картинки, которые получаются с ним, хороши сразу в целевом разрешении. Рекурсивный алгоритм позволяет рендерить на один целевой пиксель до 4225 субпикселей (на уровне 6), и это правда хорошо работает. Почему он не стоит по умолчанию?

Сравните сами (рендеринг стандартной сцены woodbox).

Дефолтный 640*480, AA 0.3
Настройки рендеринга:

[640x480, AA 0.3]
Width=640
Height=480
Antialias=On
Antialias_Threshold=0.3

woodbox

А теперь алгоритм AA2:

[640x480, AA2 0.3]
Width=640
Height=480
Antialias=On
Antialias_Threshold=0.3
Sampling_Method=2
Antialias_Depth=6

woodbox_AA2

Внимание на желтый шарик в ящике и переднюю стенку. После 6-го уровня Antialias_Depth я уже улучшений не вижу.

И ведь со структурами так же :)

Ссылка | Оставить комментарий |