_ieronim (_ieronim) wrote,
_ieronim
_ieronim

What I learned today #11: экспорт вкладов индивидуальных фаз в Bruker TOPAS

ОК, TOPAS есть не у всех. Но это же постинги и для учеников/коллег тоже!

Программа Bruker TOPAS — самая мощная из доступных для моделирования рентгеновских дифрактограмм. Графический интерфейс может выглядеть неказисто, но за ним скрывается расширяемый произвольно движок, который может уже практически все: уточнять несоразмерные структуры, магнитные, симметрийные моды, турбостратное разупорядочение, переопределять ограничения при уточнении, задавать сколь угодно безумные весовые схемы...

Поэтому большинство интересных вещей, которые хотелось бы сделать, а кажется, что никак, прячутся в недрах т.н. Launch Mode, где управление программой ведется через отдельный текстовый файл. Но есть одна задача, которая как раз из Launch Mode недоступна, а является особенностью графической оболочки (и, конечно, документирована, если вообще да, в той части мануала, которую я не читаю) — поэтому я о ней узнал сегодня, после 4-х лет работы с программой.

Это экспорт графиков индивидуальных фаз, которые TOPAS умеет красиво рисовать при наведении мышки на имя фазы. Такие картинки приятно сохранять для показа заказчику, но иногда хотелось бы таким образом, скажем, извлекать фазу для показа отдельно без аморфных пиков и фона — а из Launch Mode можно выдать только экспериментальную и расчетную порошкограммы целиком.

Решение простое. В графическом интерфейсе, независимо от того, используется GUI Mode или Launch Mode, опции отображения доступны. Нужно включиь показ фаз, щелкнуть правой кнопкой по имени диапазона — и экспортировать фазу вместе с расчетным/экспериментальным паттерном и фоном заодно. ФСЁ.

Одна картинка вместо слов:

TOPAS save graph

На слайде — пример из Launch Mode, и внимательный читатель может заметить, что фаза пиков недоступны все равно. Но что же, их можно достать уже путем арифметики: Peaks=Calc-Structure-Bkg. А в GUI они извлекаемы в явном виде, и это одно из немногих мест в программе, где GUI "сильнее" Launch mode. Второе — индицирование, но о нем как-нибудь потом.

Tags: what i learned today
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

    When you submit the form an invisible reCAPTCHA check will be performed.
    You must follow the Privacy Policy and Google Terms of use.
  • 0 comments