Category: наука

Category was added automatically. Read all entries about "наука".

Мыш

Вечно висящий вверху пост



Эта книга написана на основе самых свежих научных статей по разным этапам происхождения Земли, первой жизни и ее развития до современных клеточных организмов. Наука уже далеко ушла от "первичного бульона" и опытов Миллера. Нигде больше вы не найдете такой единый связный рассказ на русском языке.

Если вы совсем не знаете химии - готовьтесь часто гуглить.

Главы 11 и 17 самые сложные, читайте их, если вы биолог или действительно хотите взорвать себе мозг!





Книга "Происхождение жизни. От туманности до клетки" на OZON.ru


Купить бумажную книгу "Происхождение жизни. От туманности до клетки" на OZON.ru
Купить электронную книгу на litres.ru

Если вам понравилась книга и вы хотите поблагодарить автора, это можно сделать наглядно и количественно:



Видеозаписи с лекций по теме книги:
Возможна ли жизнь без воды и жизнь без углерода? (лекторий Политеха на ВДНХ, 29 октября 2016)
Происхождение и эволюция фотосинтеза ("АРХЭ", 1 октября 2016)
Где появилась жизнь на Земле и где искать ее на Марсе (книжный фестиваль "Смена", 11 июля 2017, Казань)
Мог ли Боинг возникнуть случайно за 10 млрд. лет? Отвечаем на популярные вопросы креационистов (Форум "Ученые против мифов, 15 июня 2018, Москва)



Еще интересного в моем ЖЖ:

Биология
Происхождение жизни, лекционный курс (из него в итоге выросла книга)
О перелетных птицах, восприятии магнитного поля и шапочках из фольги
Неврология новорожденных
"Нестабильность, эволюция, морфогенез", или какая математика нужна биологам
Может ли биолог починить радиоприемник? Нет, не может!
Нейрофизиологические подробности просветления
Вазопрессиновые рецепторы и моногамия у мышей и людей


Всякое разное
Впечатления от американцев
Ремонт ракеты ножницами и такой-то матерью
Демография, или почему перестройку надо было начать в 1970 году
Расстановка точек над "Аватаром"
Гендерный срач на 60 комментов - о "женской беспомощности"
Депрессия и оценка своих возможностей
«Мог ли Боинг возникнуть случайно за 10 млрд. лет? Отвечаем на популярные вопросы креационистов»
Мыш

(no subject)

Новое достижение: на Элементах пересказывают мою научную статью про трихоплаксов!
У этих животных без нервной системы обнаружены быстрые (2-5 мс) натриевые потенциалы действия, прямо как в настоящих нейронах настоящих животных с мозгами. Будем разбираться, зачем им это.

https://elementy.ru/novosti_nauki/433710/U_plastinchatykh_obnaruzhili_oposredovannye_natriem_potentsialy_deystviya

"У пластинчатых обнаружили опосредованные натрием потенциалы действия"



Сама статья: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X20315655
Мыш

(no subject)

Тут фирма ГЕНОТЕК занялась каким-то лженаучным пиаром: "Примерно каждый восьмой россиянин обладает еврейскими корнями."

Это бред вроде "ДНК-генеалогии" Клесова.К нормальной науке не имеет отношения. Секвенируя ДНК, можно узнать гаплогруппы человека, а не его национальность. Гаплогруппы к этносам привязать нельзя. Когда этим только начинали заниматься, сгоряча назвали, например, гаплогруппу R1A славянской, потому что ее доля максимальна у поляков и русских. А R1B - кельтской, потому что ее дофига у французов и англичан. Потом, правда, оказалось, что R1A так же хорошо представлена в Иране и Индии, а R1B - у башкир и нескольких африканских племен. Если славяне и персы еще могли унаследовать высокую долю R1А от праиндоевропейцев, то вот до сближения кельтов с башкирами вроде ни один фрик еще не упоролся.
Да, и возраст этих гаплогрупп - около 20 тысяч лет, тогда как славянские и кельтские языки разошлись от праиндоевропейского не более 7 тысяч лет назад.
Так что если у вас нашлись генные варианты, которые особо часто встречаются у евреев - это еще не значит, что кто-то из ваших предков считал себя евреем и соблюдал шаббат.

Мыш

Видео с "Ученые против мифов"

Антропогенез.ру выложили видеозапись моего выступления на форуме "Ученые против мифов-2018":

«Сравнение клетки, даже бактериальной, с Боингом-747, на самом деле имеет глубокий смысл. Боинг-747 далеко не является самым первым самолетом на Земле. Он является продуктом десятилетий развития авиации, которая имеет много общего с биологической эволюцией.
Например, первый самолёт появился в результате симбиоза. Симбиоза планера и двигателя внутреннего сгорания. И дальше в эволюции самолётов большую роль сыграл естественный отбор. Неудачные конструкции бились, часто вместе с создателями. Подобно биологической эволюции там можно выделить несколько геологических эпох...»

Мыш

Реклама

"Элементы" опубликовали мое довольно едкое послесловие научного редактора к книге Ника Лейна "Вопрос жизни" : http://elementy.ru/nauchno-populyarnaya_biblioteka/433982/
В книгу это послесловие не вошло по решению правообладателей - туда попали только мои примечания.

Это, кстати, ответ на вопрос, заданный в свое время читателям ЖЖ: https://users.livejournal.com/-hellmaus-/176089.html
Мыш

Про SciHub

Пиратских баз должно быть много!

В свете очередного самовыключения Sci-hub перепощиваю сентябрьский пост avva
про базу Libgen. Создатели Libgen, в отличие от Александры Элбакян, свои имена не палят и к славе не рвутся.

(https://avva.livejournal.com/3048130.html)
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Ну как, о том, как Элбакян сначала забанила Sci-Hub (http://sci-hub.cc/) в России, а потом разбанила через три дня, уже забыли?

Самое время поговорить о доступе к научным статьям, как без этого не обойтись и как это сохранить в будущем. Во время скандала с Элбакян было много записей и комментариев от ученых в разных дисциплинах в России, от студентов и сотрудников в лабораториях, о том, как без Sci-Hub они не представляют свою научную деятельность. Я обращаюсь ко всем этим людям и призываю их обратить внимание на проект Либген (http://libgen.io или http://gen.lib.rus.ec) и задуматься о его поддержке.

Еще раз подчеркну, что я не пытаюсь умалить вклад Александры Элбакян в дело свободного доступа к научным статьям - и этот вклад, и тот личный риск, на который она пошла и идет, несомненны (не забудем о судьбе Аарона Шварца - Элбакян ведь, по сути, выполнила и перевыполнила план, попытка заняться которым привела к аресту Шварца, уголовному делу против него и его самоубийству). Хронологически вклад Элбакян вместе с работой анонимных хранителей проекта Либген, в деле доступа к научным статьям, выглядит примерно так:

2011 - Элбакян запускает Sci-Hub. В первой версии проект позволяет вам заходить на сайты издателей, где лежат статьи, через чужие прокси с доступом; вы сами должны находить, где нажать, чтобы скачать статью, и скачанная статья остается только у вас и нигде не сохраняется.

2013 - проект Либген начинает давать доступ к научным статьям, с начальной базой примерно в 20 миллионов статей (источник этой начальной базы мне неизвестен). Они кооперируются с Sci-Hub, так что статьи, скачанные через Sci-Hub, автоматически копируются в базу данных Либген.

2014 - Элбакян переписывает движок Sci-Hub так, что он автоматически находит для пользователя, как скачать статью с сайта производителя, и скачивает ее (это чрезвычайно повышает удобство проекта). Она также запускает собственные сервера для хранения скачанных статей, чтобы не скачивать их снова и снова у издателя. При этом копии продолжают поступать в базу данных Либген. Элбакян копирует на свои сервера 20 миллионов статей Либгена.

2014-2017 - вдобавок к тем статьям, что скачиваются по запросам пользователей, Элбакян инициирует систематическое скачивание всех статей через свой движок из множества журналов и сайтов издателей. Эти два источника - запросы пользователей и скачивание по собственной инициативе проекта - доводят общее кол-во статей с 20 миллионов до 60 миллионов. Копии продолжают поступать в Либген.

Вклад Элбакян состоит в: 1) централизованной организации доступа к многим разным базам данных научных статей, пользуясь для этого множеством разных логинов/паролей, собранных за кулисами (предположительно пожертвованных добровольцами или добытых хакерами или и то и другое); 2) автоматизации скачивания PDF-версии статьи из каждой такой базы данных, и хранения на кэш-серверах, чтобы не надо было скачивать снова и снова; 3) автоматической догрузки множества статей по собственной инициативе проекта, для пополнения базы данных.

Вклад Либгена состоит в: 1) базе данных для всех статей, включая Sci-Hub'овские, с работающим поиском по именам и заголовкам (в Sci-Hub нет поиска, надо знать точный идентификатор конкретной статьи) 2) начальной базе в 20 миллионов статей 3) все статьи, весь код проекта, все базы данных - все открыто и может быть скачано и скопировано всеми желающими.

Ну и конечно, надо добавить сюда, что статьи это только одна из баз данных Либгена. Кроме этого, там есть художественная литература по-русски, на других языках, комиксы, и что самое важное - научные книги, первоначальный фокус этого проекта. Его ценность невозможно переоценить, по-моему; для меня лично он был и есть еще ценнее, чем Sci-Hub - хоть я понимаю, что для многих работащих ученых Sci-Hub важнее. Не будь Sci-Hub и раздела статей в Либгене, статьи все равно можно доставать через сообщества волонтеров с доступом, высылающих статьи желающим (главный способ получения статей до Sci-Hub). Не будь сотен тысяч оцифрованных книг в Либгене - включающих в себя практически полный набор учебников любого уровня по многим важным дисциплинам, и значительную часть монографий - их нигде больше не добыть, кроме как придя на своих двоих в библиотеку большого университета.

Но вернемся к научным статьям. Сейчас, в 2017-м году, больше 60 миллионов уже скачанных научных статей - по некоторым оценкам, более 60% массива современных научных статей - лежат на сайтах двух проектов: Sci-Hub и Libgen. Новые статьи, которые качаются через Sci-Hub, поступают в оба проекта. Но в одном из них, в Sci-Hub, никто не может сделать зеркало всех статей, а только смотреть по одной через капчу. Никто не может посмотреть на код проекта или сделать копию его базы данных. Все сервера и доступ к ним контролируются одним человеком, которая страдает от запредельного, галактического ЧСВ, и на почве этих страданий готова вырубать доступ целым странам, если ей не понравилась чья-то критика. Если завтра Элбакян вздумается закрыть проект, никакой копии Sci-Hub нет.

В другом проекте, Libgen, все накопленные данные (и статьи, и книги, и все остальное) раздаются всем желающим через торренты. Код проекта открытый. Периодические копии базы данных доступны к скачиванию прямо с сайта. Есть несколько зеркал. Хранители проекта, известные только под псевдонимами и не страдающие желанием прославиться, движимы судя по всему желанием раздать все это богатство как можно шире и поощряют создание зеркал и копирование данных.

Поэтому, вот что я хочу сказать, например, научному работнику в России - или любой другой стране, где у него нет легального доступа к необходимым базам данных и очень нужен доступ к научным статьям. Если, предположим, вы работаете в институте или большой научной лаборатории и идеология свободного доступа к научным статьям очень вам по душе. Если вас беспокоит возможность того, что Sci-Hub завтра закроют враги или закроет его же создательница по очередному капризу. У меня есть для вас очень дельный совет из двух частей. Во-первых, по адресу http://libgen.io/dbdumps/scimag/ скачайте дамп текущей версии базы данных всей статей. Цена вопроса - 7 гигабайт, или 26GB текстового файла в развернутом виде, и вот у вас есть все метаданные 66 миллионов статей. Я запустил скрипт на этой базе данных и посчитал, что общий объем всех статей - 54 терабайта. Поэтому вторая часть совета напрашивается. 54TB это много, но в рамках бюджета целого университета или большой научной лаборатории или фирмы - не очень много. Поднимите сервер или сервера с такими объемами жестких дисков и поставьте качать все торренты с http://libgen.io/scimag/repository_torrent/. Это займет какое-то время, может пару месяцев, но в конце этого процесса у вас будет копия всех (*) научных статей западного мира. Своя мини-копия достижений научной цивилизации. У вас на диске. Под вашим контролем. А еще примерно 30TB дадут вам возможность и все торренты книг тоже скачать. А если вы еще и продолжите сидить это все, так и вообще цены вам нет.

(*) художественное преувеличение, не всех, но значительной части.

Будущее свободного доступа к научной литературе - будущее вашего доступа к научной литературе - в ваших руках.
Мыш

Вопрос по физике

Что считается «наблюдением» в квантовой механике?
Если поставить большую, «классическую» систему под управление квантовой, возникают парадоксы типа кота Шредингера, который вроде бы ни жив, ни мертв, пока ящик не открыть. Но там в эксперименте есть человек-наблюдатель.
А можно без человека и в природных условиях. Какое место в ДНК порвет шальная бета-частица? Случайность мутаций, получается, основана в том числе на квантовой неопределенности?
Даже без радиации. Вот у нас есть процесс репликации ДНК. В нем бывают ошибки. Один из механизмов этих ошибок — протонирование аминогрупп азотистых оснований, когда они приобретают заряд и вместо нормальных пар А-Т и Г-Ц образуют черт знает что. В водной среде при физиологической кислотности вероятность этого протонирования порядка 1/100000. При этом для протонирования достаточно перескока протона с воды на ДНК на расстояние порядка 0,1 нм — вроде достаточно близко для туннелирования. Короче, когда у нас здесь происходит превращение квантовой суперпозиции в однозначное классическое состояние? Когда напротив протонированного нуклеотида полимераза вставит неправильный? Когда ДНК с этой мутацией скопируется еще N раз? Когда с этого гена получится M новых белков? Когда эффект мутации проявится на уровне клеток или организмов?

This entry was originally posted at https://hellmaus.dreamwidth.org/172395.html. Please comment there using OpenID.
Мыш

Письмо в передачу "очевидное-невероятное" из сумашедшего дома

Чувствую себя знаменитостью - мне пишут психи.
Психи сначала проповедовали заморочку своей секты ("селекция восприятий"), потом обиделись на мои ответы и выложили всю переписку в свое сообщество во вконтактике: https://vk.com/wall-32408368_13778

Дублирую сюда:

Мне было очень любопытно, что Никитин ответит на уникальное предложение Бо заняться вместе таким исследованием влияния восприятий на эпигеном, использовать экспертный опыт Бодха в селекции, который Бо нарабатывал в течение двадцати лет, начать новую ветку в эволюционной биологии и сделать там кучу открытий.

Ответ меня поразил своей откровенной тупостью и агрессивностью. Если коротко, то Никитин обосрал Бодха, назвал его лидером секты и оскорбился за свою семью (в полном соответствии с предсказаниями Бодха о реакции ученых на селекцию восприятий:). НИ СЛОВА при этом не написав о самой сути идеи - исследовать изменения эпигенома и других параметров в зависимости от выбранных состояний - эмоций, уверенностей и т.д. Кому хочется подробностей, то вот его ответ:
Collapse )Прямо как Медведев со своим компотом.
Мыш

Шаг к добыче урана из морской воды

Американо-китайская команда сделала крутейшую вещь: разработала белок, который очень эффективно связывает уран из раствора, даже если его там совсем мало. (http://www.nature.com/nchem/journal/v6/n3/full/nchem.1856.html)



В кубометре морской воде содержится 3 миллиграмма урана, то есть его запасы в океанах раз в 50 раз больше, чем в месторождениях суши. Более того, если начать извлекать уран из морской воды, его запас там будет возобновляться благодаря вымыванию из горных пород. Химики уже давно примеривались к извлечению урана из морской воды, но синтетические уран-связывающие полимеры получались дорогими и недолговечными. Новый белок на порядок превзошел их по сродству и селективности к урану. Достаточно развесить в море канаты, засеять их трансгенной морской капустой, вырабатывающей этот белок, и через год можно собирать урожай и гнать из него ядерное топливо.

Биологам отдельно доставляет метод, которым они искали тот самый белок: на компьютере прогнали для каждого белка из базы PDB моделирование связывания урана (12 000 реальных белков), потом повторили для миллиона модификаций этих белков (заменяли отдельные аминокислоты на Asp,Asn,Glu,Gln), нашли десятку самых сильно связывающих, проверили их в пробирке - все подтвердилось. Взяли самый лучший белок (он был из микроба Methanobacterium из канализации, что делал в природе - фиг знает), доработали напильником и профит!
Мыш

Про политику и генетику.

По умам и блогам гуляет мнение "генетической катастрофе массовых репрессий 20-ых-30-ых, которые произвели отрицательный отбор на трудолюбие и теперь все плохо и всегда будет плохо". Его повторяют даже некоторые биологи. До меня даже дошел слух, что его воспроизводит macroevolution на лекции по психогенетике. На самом деле Александр, всегда аккуратный в формулировках, такого не говорил, но слушатели услышали то, что ожидали услышать .

Почему для эволюционного биолога это полный бред?

Чтобы отбор по какому-либо признаку эффективно работал, нужны три условия:
1) признак имеет заметную наследуемость
2) в популяции есть генетическая изменчивость по этому признаку
3) вероятность выживания и размножения зависит от этого признака
Collapse )